Rfam库可以用于对RNA-Seq或宏基因组数据进行RNA类型的注释，在Rfam 11及其之前的版本，对未知序列的比对是基于rfam_scan.pl和Infernal 1.0.x来实现的，并且需要blast程序的辅助。Rfam_scan.pl先调用blast进行相似性比对缩小范围，然后再用Infernal进行cm的计算和比较，找出统计显著的结果。在Rfam 11中对同源相似性大于90%的序列进行了去冗余，并准备了一个Rfam.fasta.gz用于建库分析，到了Rfam 12后，这个文件不再提供了，如果你用fasta_file下的序列建库并使用12的Rfam.cm会发现rfam_scan.pl报错。原因很简单：Rfam 12这个版本升级更新后，Rfam_scan.pl已经不在使用，其功能由Infernal 1.1.x中的cmscan来替代，不同的是cmscam不再采用blast程序预处理的方法，而是使用HMM方法进行过滤。
月度归档： 2018 年 7 月
CAP3 序列组装程序说明文档
本文翻译自CAP3自带的说明文档，由于水平有限，文中尚有存在疑义的地方，阅读时请参照原文进行解读。
若使用CAP3请引用文章:
Huang, X. and Madan, A. (1999)
CAP3: A DNA Sequence Assembly Program,
Genome Research, 9: 868-877.