标签： cufflinks

Cufflinks中的gffread工具

Cufflinks的gffread工具提供了一些其它的用途，在这里做个笔记，方便以后查询。

1. GTF与GFF间的格式转换

#gff to gtf 
gffread my.gff3 -T -o my.gtf 

#gtf to gff 
gffread my.gtf -o- > my.gff3

2. 利用GTF注释文件从基因组上提取转录本或CDS序列

# 获取转录本序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa –w transcripts.output.fa 

# 获取CDS序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa -x cds.output.fa 

# 获取蛋白序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa -y protein.output.fa