标签： 转录组

Cufflinks中的gffread工具

Cufflinks的gffread工具提供了一些其它的用途，在这里做个笔记，方便以后查询。

1. GTF与GFF间的格式转换

#gff to gtf 
gffread my.gff3 -T -o my.gtf 

#gtf to gff 
gffread my.gtf -o- > my.gff3

2. 利用GTF注释文件从基因组上提取转录本或CDS序列

# 获取转录本序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa –w transcripts.output.fa 

# 获取CDS序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa -x cds.output.fa 

# 获取蛋白序列 
gffread transcripts.gtf –g genome.fa -y protein.output.fa

安装Trinity 2.8.4

需要组装下转录组，因此找了个当前版本为2.8.4的Trinity。这里记录下安装中遇到的一些问题。仅供同样遇到的朋友们参考。

  • Ubuntu下直接安装Trinity。
sudo apt install trinityrnaseq

在Ubuntu 18.04 LTS下之间安装的Trinity是2.5版本的，会遇到找不到seqtk-trinity找不到的问题。在Trinity的Github可以找到seqtk-trinity的代码，编译安装或许可以解决，但我没有去尝试。装了一下seqtk，但是里面没有seqtk-trinity。不知道是源里的版本旧，还是压根就没有。

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