分类： 计算机

几种不同来源的R包安装方法

R自带安装工具

# 在线安装 
install.packages("") 

# 本地安装:从网址上下载package到本地 
install.packages("*.tar.gz or *.zip", repos = NULL)

安装GitHub上的package

# 使用devtools安装 
library(devtools) 
devtools::install_github(“YiqunLiHIT/SCIA”) 

# 偶尔出现在线无法安装的时候可以使用本地安装，安装的方法类似R自带的本地安装，先从GitHub上下载zip源码。可能需要安装Rtools。 
install_local("*.zip") 

# 使用githubinstall安装 
library(githubinstall) 
githubinstall(“SCIA”)

安装bioconductor上的package

# 低版本 
source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("SCIA") 

# 高版本 
library(BiocManager) 
BiocManager::install("SARdb")

Perl的HTML::Template模块生成报告

*本文中的代码均引用自HTML::Template的说明文档

如果想批量的生成PDF格式的报告文件，java的iText是一个常用的选择。但如果想简单快速的办法是先批量生成HTML报告，然后转化为PDF格式。我只是个Perl用户，所以HTML::Template对我来说是个非常容易的选择。对于一个报告页面来说，你要做的大概只有三步：

  1. 建立一个HTML格式的模板。
  2. 写段Perl代码来把数据填入模板生成结果的HTML页面。
  3. 用HTML转PDF的工具将HTML转换成PDF，比如wkhtmltopdf。
  4. 将生成的PDF合并成完整的文件。

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