转载自：https://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍
1. view
view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。
bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。
view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。
Usage: samtools view [options] | [region1 [...]]
默认情况下不加 region，则是输出所有的 region.
Options: -b output BAM
默认下输出是 SAM 格式文件，该参数设置输出 BAM 格式
-h print header for the SAM output
默认下输出的 sam 格式文件不带 header，该参数设定输出sam文件时带 header 信息
-H print header only (no alignments)
-S input is SAM
默认下输入是 BAM 文件，若是输入是 SAM 文件，则最好加该参数，否则有时候会报错。
-u uncompressed BAM output (force -b)
该参数的使用需要有-b参数，能节约时间，但是需要更多磁盘空间。
-c Instead of printing the alignments, only count them and print the
total number. All filter options, such as ‘-f’, ‘-F’ and ‘-q’ ,
are taken into account.
-1 fast compression (force -b)
-x output FLAG in HEX (samtools-C specific)
-X output FLAG in string (samtools-C specific)
-c print only the count of matching records
-L FILE output alignments overlapping the input BED FILE [null]
-t FILE list of reference names and lengths (force -S) [null]
使用一个list文件来作为header的输入
-T FILE reference sequence file (force -S) [null]
使用序列fasta文件作为header的输入
-o FILE output file name [stdout]
-R FILE list of read groups to be outputted [null]
-f INT required flag, 0 for unset [0]
-F INT filtering flag, 0 for unset [0]
Skip alignments with bits present in INT [0]
数字4代表该序列没有比对到参考序列上
数字8代表该序列的mate序列没有比对到参考序列上
-q INT minimum mapping quality [0]
-l STR only output reads in library STR [null]
-r STR only output reads in read group STR [null]
-s FLOAT fraction of templates to subsample; integer part as seed [-1]
-? longer help