Vienna Drosophila Resource Center

维也纳果蝇资源中心（Vienna Drosophila Resource Center，VDRC）是位于奥地利维也纳的一个重要的果蝇RNAi资源中心。该中心是目前保存果蝇RNAi品系最多的一个资源库，覆盖了91％的蛋白质编码基因（到2018年4月止）。果蝇研究者可以从该中心获取需要的果蝇品系和相关的RNAi质粒。

作为该中心最重要的RNAi库，其中存储了由UAS-RNAi方式构建的转基因品系，通过与不同的GAL4品系杂交可以获得所需的功能缺失的果蝇品系。RNAi库主要由GD库、KK库和shRNA库构成。GD库与KK库中存储长发夹序列构建的RNAi品系，shRNA库中存储短发夹序列构建的针对microRNA的RNAi品系。

其中：

• 共涵盖 12,671个果蝇编码基因(91%)。
• GD库涵盖11,292个基因(81%)。
• KK库涵盖9,646个基因 (69%)。
• shRNA涵盖448品系(3.2%) – 更多的正在构建中。（注：small hairpin RNA = shRNA）
• 超过8,500个基因有两个或两个以上的独立品系可用。

此外，VDRC还提供了GAL4品系，可以在“Enhancer-GAL4 driver library”中获取，用于同UAS-RNAi品系杂交，实现knock-down的效果。所以，如果自己没有GAL4品系的话，在获取RNAi品系的时候不要忘记同时获取GAL4品系哦。否则，是什么效果也没有的。VDRC存储了964种GAL4品系，这些品系中，调控GAL4表达的序列连同GAL4基因被一同插入在attP2位置。

GD库与KK库

GD库是通过在一个修改过的带有10个UAS位点拷贝的pUAST载体中克隆进300-400bp的基因片段作为反向重复序列（IR），并使用P-element构建RNAi转基因品系，由于P-element是在基因组中随机插入的，因此可能带来一些意想不到的影响。例如，P-element插入在关键基因上导致致死或当与GAL4杂交后，由于EP（Enhancer-Promoter）-effects，引起相邻基因的过表达等。

KK库是继GD库后建立的另一个转基因RNAi库。采用phiC31构建的定点插入的RNAi转基因品系。KK库主要做了以下改动：

1. 通过将所有插入序列整合到相同的基因组位置，来提高一致性和可靠性。
2. 使用改进过的重复序列提高插入的效率和特异性。
3. 生成GD库没有涵盖的品系。
4. 为同一基因提供另一种独立的RNAi序列，用于表型验证。

shRNA库这里不做介绍。下边以GD库中的品系为例说一下各项参数的含义。

• VDRC ID：这是VDRC库中果蝇品系的编号。也是当你要获取果蝇时需要提供给对方的标识。
• Library：这里是只品系所属的库，如：GD，KK或者shRNA。上面对这些库已经介绍过了，不在多说。
• Construct ID：是指GD-DNA库中质粒的编号。GD-DNA库是存储用于构建RNAi转基因果蝇品系时所用的质粒的库。当然你也可以向RDRC索要这些质粒。
• CG Number：同FlyBase中的CG基因编号，这里可以从上图中看到，基因组版本是6.01的。
• Nearest Genes：就是重复序列插入位置附近的基因，在这个列表中并没有显示，但进入到某一个具体的品系中时，会有对应的信息。
• Synonyms：这个不用说了，基本都看得懂。
• On-target：On-target基因的数量。On-target表示有基因能够被dsRNA正义链上产生的多个19-mer序列中的50%以上完美结合（考虑双链时为全部19-mer序列的25%），则定义为On-target。
• Off-target：Off-target基因的数量。Off-target表示有基因能够被dsRNA正义链上产生的多个19-mer序列中，少于50%的序列与之结合，但至少有一个19-mer序列能与该基因匹配。
• s19：

s19 = ∑ ON-target matches / ( ∑ ON-target matches + ∑ OFF-target matches)

 s19得分的范围是从0~1，1表示没有Off-target的基因。但这不表示没有未知的Off-target，因为有些Off-target的情况是很难识别到的。

• CAN Repeats：CAN重复序列的数量。
• Viability：分生存，致死和不育三种类型。这里提供的状态是由于UAS-IR插入导致的，而不是指同GAL4杂交后产生的表型。
• Inserted Chromosome：插入的第几号染色体。
• FlyBase Reference Report：FlyBase中对应报告的数量。
• Status：是否可以从库中获取。

对于GAL4库的挑选，这里就不介绍了，后面有时间再进行补充。

（转载请注明，转载自拥抱晴空）

作者： 斑斑

..微笑着看着杯中的花茶一片片撑开.. ..透明的花瓣里水破开的声音很轻微.. 查看斑斑的所有文章